Dass bei SARS-CoV-2 ein „Übergang“ vom Tier auf den Menschen stattgefunden hat, wird allgemein als gesichert angenommen. Wie und wo das Fledertier-Coronavirus die Speziesbarriere überwinden konnte, ist also die eigentliche Kernfrage. Diese ist umso interessanter, als die Fledertier-Spezies, die SARS-CoV-2-ähnliche, ACE-2-Rezeptor-affine Coronaviren beherbergen, in Wuhan, dem bisher angenommenen Ausgangsort der Pandemie, gar nicht vorkommen, sondern in der für ihren Artenreichtum bekannten südchinesischen Provinz Yunnan, die an Laos und Kambodscha angrenzt und ca. 1.000 km von Wuhan entfernt liegt. Wie also kam das Virus nach Wuhan?
Aufgrund der trotz hoher Homologie zwischen dem nächstverwandten Fledermaus-Coronavirus und SARS-CoV-2 noch immer bestehenden genetischen Diversität ist – wie bei SARS-CoV – davon auszugehen, dass der Übergang auf den Menschen eines Zwischenwirts bedurfte, in dem sich das Virus zu der Variante weiterentwickeln konnte, die schließlich den Sprung über die Speziesbarriere zum Menschen vollziehen konnte, ein Entwicklungsschritt, der in der Regel Jahre bis Jahrzehnte erfordert.
Der Zwischenwirt wurde im Fall des SARS-CoV-2 noch nicht identifiziert. Diskutiert wurden z.B. das Schuppentier (Pangolin; Ordnung: Pholidota, Familie Manidae) oder der Marderhund. Die zahlreichen Meldungen über infizierte Tiere in Nerz-Farmen in den Niederlanden, in Dänemark, den USA und Spanien belegen, dass insbesondere Nerze sehr suszeptibel für SARS-CoV-2 sind. Auch sie (bzw. Vertreter der Familie Mustelidae) wurden daher als mögliche Zwischenwirte in Betracht gezogen. Im Falle der Pangoline, die in der Natur sympatrisch mit Fledermausarten leben können, weisen jedoch Studien darauf hin, dass sie eher akzidentelle Wirte für SARS-CoV-2-ähnliche Viren sind, als dass sie eine phylogenetisch bedeutsame Rolle in der Entwicklung des SARS-CoV-2 gespielt haben.